En el Torneo de Apertura Cobreloa finalizó 5° con 35 unidades, luego de unas primeras fechas muy prometedoras, pero tras la lesión del importante goleador Esteban Paredes, Cobreloa perdería terreno en el torneo. En el Torneo de Clausura, Cobreloa mejoraría considerablemente terminando 1° en la tabla general con 37 puntos, lo que le valió un cupo para la primera ronda de Copa Libertadores 2007. Ya en los playoffs, serían eliminados por Colo-Colo en semifinales, que a la postre sería bicampeón.
